基于DNA序列的功能位點(diǎn)識別.pdf

1、由于基因序列中的功能位點(diǎn)與基因的調(diào)控、轉(zhuǎn)錄緊密相關(guān),人們對這些位點(diǎn)進(jìn)行了廣泛的分析。如何從DNA序列中準(zhǔn)確地檢測出這些功能位點(diǎn)成為了生物信息學(xué)中的一項(xiàng)長期熱點(diǎn)。
　　 本文首先提出了一種基于熵度量的改進(jìn)位置權(quán)重矩陣法,并以此方法對原核生物啟動子進(jìn)行識別。該方法首先運(yùn)用信息論中的信息熵提取出原核生物啟動子的保守位點(diǎn),然后利用啟動子訓(xùn)練集和非啟動子訓(xùn)練集構(gòu)建兩個相應(yīng)的改進(jìn)位置權(quán)重矩陣。根據(jù)矩陣中相應(yīng)于保守位點(diǎn)和關(guān)聯(lián)片段的元素值,對測

2、試序列進(jìn)行計分,最后根據(jù)分值對測試序列進(jìn)行分類。在大腸桿菌基因序列上的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該算法在敏感性、特異性、關(guān)聯(lián)系數(shù)以及精確度方面優(yōu)于現(xiàn)有的啟動子識別算法。
　　 第二,提出了一種基于新穎模式識別技術(shù)的核小體識別算法。此技術(shù)結(jié)合了兩種方法分別進(jìn)行模式匹配和序列模糊性的去除。首先運(yùn)用了電子技術(shù)中的鏡像匹配濾波器來匹配序列中的模式信息；再運(yùn)用圖像處理中的概率松弛標(biāo)示進(jìn)行后續(xù)處理,根據(jù)位點(diǎn)左右的上下文信息減少或消除序列在測定過程中產(chǎn)生