GeXP系統(tǒng)在先天性心臟病相關(guān)基因突變篩查以及呼吸道病毒多重檢測中的應(yīng)用.pdf

1、GenomeLabGeXP（GeneExpressionProfiler）多基因表達(dá)遺傳分析系統(tǒng)由美國貝克曼公司研發(fā)，最初主要用于研究多重基因表達(dá)定量分析。該平臺將多重聚合酶鏈反應(yīng)（Polymerasechainreaction，PCR）技術(shù)和毛細(xì)管電泳技術(shù)相結(jié)合，只需一個反應(yīng)即可從5ng~500ngRNA樣品中同時檢測多達(dá)35個基因表達(dá)豐度。GeXP系統(tǒng)一束八道的毛細(xì)管陣列設(shè)計充分利用96孔板的矩陣排列，在雙通道設(shè)置時可同時檢測高達(dá)1

2、92個樣品并且允許自動更換不同的方法，有利于質(zhì)量控制及方法開發(fā)的應(yīng)用；對毛細(xì)管進(jìn)行液體制冷及利用半導(dǎo)體控溫系統(tǒng)，可得到精確的控溫和最好的分辨率；此外，GeXP系統(tǒng)備有紫外、兩極管矩陣及雙激光誘發(fā)螢光三種檢測器，能夠配合不同的應(yīng)用。總體來說GeXP系統(tǒng)在很大程度上提高了檢測的靈敏度和速度，把基因表達(dá)研究提升到了一個更高的水平。
　　近年來，由于GeXP系統(tǒng)本身所具備的巨大優(yōu)勢它已廣泛應(yīng)用于藥物毒力機(jī)制研究、擬南芥與鐵吸收相關(guān)多基因表

3、達(dá)調(diào)控、癌癥早期診斷研究、免疫治療、疾病分子分型、個體化用藥指導(dǎo)、多病原鑒定及其耐藥性突變檢測等醫(yī)學(xué)研究和臨床檢驗領(lǐng)域。本研究共分兩部分：第一部分使用GeXP系統(tǒng)同時檢測了8個先天性心臟病相關(guān)突變位點并分型，探討其與先心病發(fā)生的相關(guān)性；第二部分使用GeXP系統(tǒng)同時檢測呼吸道臨床樣本中的11種呼吸道病毒、肺炎支原體和肺炎衣原體并進(jìn)行方法學(xué)評估。
　　第一部分GeXP多重PCR技術(shù)同時檢測8個先天性心臟病相關(guān)突變位點
　　目的：

4、建立基于GeXP平臺的多重基因分型系統(tǒng)，在同一PCR體系內(nèi)同時檢測與先天性心臟?。ê喎Q先心?。┫嚓P(guān)的6個致病點突變及2個單核苷酸多態(tài)性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）并分型，探討其與先心病發(fā)生的相關(guān)性。
　　方法：選取與先心病相關(guān)的CRELD1、TBX20、GATA4、TBX5、NKX2-5及TBX1共6個已報道的致病點突變和MTHFR基因的兩個SNP位點設(shè)計特異性引物，建立GeXP多重PCR反

5、應(yīng)體系，評價其特異性。收集2013~2014年在河北省兒童醫(yī)院心外科住院的256例先心病患兒和49例健康對照兒童血液標(biāo)本，提取基因組核酸，使用所建立的方法進(jìn)行基因分型，利用SPSS16.0統(tǒng)計軟件的卡方檢驗進(jìn)行統(tǒng)計分析。
　　結(jié)果：16個等位基因和1個PCR反應(yīng)內(nèi)參均可在同一個體系中擴(kuò)增，17個片段清晰分離，且特異性良好。本研究中未檢出CRELD1、TBX20、GATA4、TBX5、NKX2-5、TBX1基因的點突變，但MTHFR

6、基因rs1801133位點CC基因型在健康對照組和復(fù)雜先心病組之間的分布具有統(tǒng)計學(xué)意義（χ2=4.051,P=0.044,OR=0.211,95％CI0.041~1.092）。
　　結(jié)論：本研究中未檢出CRELD1、TBX20、GATA4、TBX5、NKX2-5、TBX1基因的單堿基突變，MTHFR基因rs1801133位點CC基因型與復(fù)雜先心病的發(fā)生可能相關(guān)，可用于先心病易感基因的篩查，并為孕婦產(chǎn)前檢查及新生兒出生缺陷的風(fēng)險評估

7、提供遺傳學(xué)依據(jù)。
　　第二部分基于GeXP系統(tǒng)同時檢測11種呼吸道病毒、肺炎支原體和肺炎衣原體的應(yīng)用及評估
　　目的：評估基于GeXP系統(tǒng)同時檢測11種呼吸道病毒、肺炎支原體和肺炎衣原體的多重PCR技術(shù)，即13重呼吸道病原檢測試劑盒（購自寧波海爾施基因科技有限公司）檢測臨床樣本的能力。
　　方法：使用該技術(shù)檢測302份取自河北省兒童醫(yī)院住院兒童的鼻咽吸取物標(biāo)本，并使用中國疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所中心實驗室建立且

8、已經(jīng)過商業(yè)化xTAGRVP試劑盒檢測驗證過的GeXP多重檢測方法作為參考標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行呼吸道病毒的平行驗證，肺炎支原體和肺炎衣原體的驗證分別采用實時熒光定量PCR法和Sanger測序法。
　　結(jié)果：對于呼吸道病毒的檢測，13重呼吸道病原檢測試劑盒的靈敏度、特異度、陽性預(yù)測值和陰性預(yù)測值分別為95.13%、84.21%、94.71%和85.33%（以GeXP多重檢測方法作為參考標(biāo)準(zhǔn)），兩種方法的一致率為92.38%，Kappa值為0.92