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文檔簡介
1、MicroRNAs(miRNAs)是一類長度約18~24 nt的非編碼RNA,能夠與mRNA特異性結合從而調(diào)控基因的表達,在細胞增殖、分化、代謝、凋亡和免疫應答等生物學過程中具有重要作用。血液作為最重要的體液廣泛參與機體各個生物學過程,血液中的miRNAs被報道能穩(wěn)定的存在于血液中作為生物體生理狀態(tài)和病理狀態(tài)的重要分子標記。然而目前對于豬血液miRNA的研究相對較少,且都是對靜脈血液miRNA的研究,對于動脈血液中miRNA研究還完全是
2、空白。為了鑒定豬血液miRNA表達譜和動靜脈血液在miRNA表達水平的差異,我們利用高通量測序技術檢測了豬的動脈血液和靜脈血液的miRNA表達譜,并用熒光定量方法進行驗證。結果如下:
(1)通過建庫測序,分別在動脈血液和靜脈血液獲得了5.21 million(M)和8.61 M原始數(shù)據(jù)。經(jīng)過濾后,超過78%的序列達到質(zhì)量要求成為mappable序列,這些mappable序列長度集中在21~23 nt。
(2)兩個文庫
3、共鑒定出272個豬已知的miRNAs,52個保守的miRNAs和281個候選miRNAs,其中表達量位于前20位的miRNAs分別占據(jù)動脈血液和靜脈血液全部序列的85.35%和84.75%。
(3)在表達量前20的miRNAs中有17個是在兩個文庫中共同表達的,通過靶基因預測和KEGG通路分析發(fā)現(xiàn)在血液中高表達的miRNAs主要與紅細胞的生成以及血管生成相關。
(4)用IDEG6對兩個文庫中的miRNAs進行差異分析
4、得到57個差異表達的miRNAs(p<0.001),其中差異倍數(shù)達到1.5倍的miRNAs有12個:在動脈血液富集的miR-18a,miR-21,miR-99a,miR-144和miR-7以及在靜脈血液富集的miR-423,miR-16,miR-181a,miR-425,miR-151,miR-192和miR-142。
(5)差異miRNAs生物信息學分析顯示動脈血液富集的miRNAs與免疫反應過程相關,而靜脈血液富集的miR
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