基于基因本體論的蛋白質網(wǎng)絡模塊識別算法.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、識別蛋白質相互作用網(wǎng)絡中的模塊結構，是理解細胞功能的組織結構以及動態(tài)性的第一步。因而，如何在蛋白質相互作用網(wǎng)絡中尋找模塊結構便成為一項十分重要而且極具挑戰(zhàn)的任務。目前，出現(xiàn)了許多基于蛋白質相互作用網(wǎng)絡的拓撲結構識別模塊的方法，但是這類方法主要集中于識別網(wǎng)絡中的稠密區(qū)域作為蛋白質模塊，而忽略了蛋白質自身所具有的生物功能。因此，在本文中，我們提出了一種既考慮蛋白質相互作用網(wǎng)絡的拓撲結構，又考慮蛋白質自身生物功能的基于基因本體論的模塊識別算法

2、（Core-Attachment based on Gene Ontology, CoAchGO）。
　　CoAchGO算法主要包括兩個步驟：首先，在蛋白質相互作用網(wǎng)絡中找出蛋白質模塊的核心（稱之為蛋白質核）。在找蛋白質核的過程中，利用基因本體論從蛋白質分子功能層面對蛋白質核進行校正與過濾。這樣既彌補了單一依據(jù)拓撲性的不足，又能有效地處理目前蛋白質相互作用網(wǎng)絡中普遍存在假陽性、假陰性數(shù)據(jù)的問題。接著，再利用基因本體論對蛋白質核進行

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