藏羚羊基因組微衛(wèi)星特征分析與引物驗證.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、藏羚羊全基因組序列公布后,充分研究和獲取基因組微衛(wèi)星序列的數據特征以及從全基因組序列中查找具有多態(tài)性的微衛(wèi)星座位,開發(fā)準確高效的微衛(wèi)星引物,對藏羚羊及近緣物種的保護遺傳學研究具有重要意義。
　　本研究以藏羚羊基因組數據庫為基礎,利用MISA軟件對藏羚羊基因組進行微衛(wèi)星分離,分析研究藏羚羊核基因組DNA中微衛(wèi)星分布情況和特征。同時結合引物設計軟件Primer3.0自動設計生成微衛(wèi)星引物,設定相關隨機抽取的參考標準,抽取部分引物,通過

2、聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測篩選具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點,進而通過毛細管凝膠電泳檢測驗證引物多態(tài)性是否一致。
　　研究結果如下:
　　1、以2696.89Mb的藏羚羊全基因組數據庫為基礎,共查找到723135個微衛(wèi)星座位,其中完全型微衛(wèi)星有675809個。
　　2、在六種微衛(wèi)星重復類型中,單核苷酸有471142個占69.72％,是比重最多的一類微衛(wèi)星;其次是二核苷酸、三核苷酸,分別為88832個和86658個,占總數的13.1

3、4%和12.82%;六核苷酸含量最少,僅215個,約占0.03%。其中,單核苷酸、四核苷酸、五核苷酸以及六核苷酸中A/T重復單元比較豐富;二核苷酸重復類型中,最常見的是 AC/GT重復單元,其次是AT/TA重復單元,而GC/CG重復單元數量最少;三核苷酸中,AGC/GTC數量最多,其次是ACG/CTG和AAC/GTT,而CCG/CGG數量最少。
　　3、從自動設計的46286對微衛(wèi)星引物,隨機抽選100對藏羚羊微衛(wèi)星引物,共獲得8

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