番茄DWD家族的生物信息學分析及生化特征.pdf

1、WD40家族的一個亞家族DWD(DDB1-binding WD-repeat domain)家族蛋白被證明在CUL4泛素E3連接酶復合體中起到底物識別亞基的作用。但是，在番茄（Solanum lycopersicum）中對這個亞家族的相關信息卻知之甚少。在本研究中，基于最近公布的番茄基因組注釋序列，對100個編碼DWD蛋白且可能與DDB1蛋白產(chǎn)生相互作用的番茄基因進行了鑒定和分析，分析內(nèi)容包括詳細注釋信息、染色體定位和保守氨基酸結構域組

2、成等。此外，我們還構建了這個亞家族的系統(tǒng)進化樹，發(fā)現(xiàn)家族成員主要聚類成三個大組。另一方面，我們通過酵母雙雜交和免疫共沉淀的實驗方法檢驗了14個代表性番茄DWD蛋白和DDB1蛋白之間的直接互作，并且，在亞細胞定位實驗中發(fā)現(xiàn)它們中的6個成員同時定位在細胞核和細胞質中，7個成員特有地定位在細胞質中，還有1個成員蛋白既能同時存在于細胞核和細胞質中也能只存在于細胞質中。此外，我們還通過比較基因組學分析發(fā)現(xiàn)，該亞家族成員數(shù)量的擴增主要得益于進化過程