甘藍型油菜千粒重主效QTLSWA7精細定位.pdf

1、本課題組前期借助分子標記和QTL定位等生物學手段在9個環(huán)境下利用282個SG-DH(Sollux/Gaoyou)群體對甘藍型油菜的19條連鎖群進行了千粒重QTL的初定位,其中在第7條連鎖群上發(fā)現(xiàn)了一個主效QTLSWA7,并且在7個環(huán)境中穩(wěn)定表達,位于標記EST12a到ZAAS864之間,遺傳距離為40.3cM,平均加性效應(yīng)為0.148g。隨后,劉玉霞在此基礎(chǔ)上對SWA7精細定位,利用BC3F2/BC3F3（基因型/表現(xiàn)型,下同）和BC4

2、F1/BC4F2世代群體將目標區(qū)間鎖定在標記sR0282R至ZAA864之間4.3cM的遺傳距離（劉玉霞,未發(fā)表）,兩親本間等位基因的差異達0.231g。前人的研究結(jié)果為后續(xù)SWA7精細定位和圖位克隆打下了良好的基礎(chǔ)。
　　 本研究在以上基礎(chǔ)進行,通過對目標區(qū)間標記輔助選育,材料包含受體親本Gaoyou目標基因組片段的近等替換系BC4F2、BC5F1、BC4F3、BC5F2和BC6F1共5個世代,借助白菜第7條連鎖群的基因組序列

3、信息發(fā)展位置特異性標記。進一步對QTL目標區(qū)間進行確認和精細定位,主要研究結(jié)果如下:
　　 一、近等替換系的培育
　　 本研究根據(jù)前期構(gòu)建的近等替換系的基礎(chǔ)上,發(fā)展了BC4F3、BC5F2和BC6F1共3個世代的近等替換系,株系的選取原則為不同染色體分離片段重疊覆蓋目標區(qū)間。
　　 二、SWA7目標區(qū)間的確認
　　 利用BC4F2/BC4F3、BC5F1/BC5F2這2個世代的單株的基因型和自交后代株系的

4、表現(xiàn)型對劉玉霞精細定位的SWA7QTL區(qū)間進行確認。通過單標記的關(guān)聯(lián)分析和近等替換系之間的比對,發(fā)現(xiàn)標記sR0282R至ZAA864之間確實存在一個主效QTL,在這個區(qū)間內(nèi),Sollux和Gaoyou等位基因間存在顯著差異(P＜0.001),均值差平均為0.217g。
　　 三、目標區(qū)間分子標記的加密
　　 將目標QTL區(qū)間確認在標記sR0282R至S158-7后,借助白菜第7條連鎖群上基因組序列信息針對目標區(qū)域發(fā)展位置

5、特異性標記,在標記RF36至S158-7增加了22個分子標記。
　　 四、SWA7的精細定位
　　 利用BC4F3、BC5F2和BC6F13個世代單株基因型和相應(yīng)的自交后代表現(xiàn)型對SWA7進行精細定位。通過單標記關(guān)聯(lián)分析以及近等替換系間的比對分析,將目標區(qū)間預(yù)測至標記N7-109至A07-2,物理距離為78kb。親本等位基因千粒重的均值差為0.230g。
　　 五、生物信息學分析
　　 對SWA778kb