幾種典型多肽穩(wěn)定構(gòu)型的系統(tǒng)尋找和理論分析.pdf

1、多肽不僅是構(gòu)成蛋白質(zhì)的片段，同時也是生物體體內(nèi)具有獨立功能的小分子，對多肽的理論研究具有非常重要的實際意義。本論文所研究的內(nèi)容涉及到十幾個多肽體系，我們重點分析了其中幾個多肽的結(jié)構(gòu)性質(zhì)。在研究過程中，我根據(jù)以往的經(jīng)驗總結(jié)出一些比較有實用價值的方法，并按需要發(fā)展了實用的輔助分析計算程序。
　　 第1章中我們主要介紹了計算生物分子體系所需要的理論基礎(chǔ)知識，這其中包括從頭計算方法、半經(jīng)驗方法以及密度泛函理論等。接下來介紹了用來研究氫鍵

2、的有利的理論工具——AIM理論。最后我們簡要介紹了本文涉及的計算所用到的2個軟件包。
　　 第2章我們結(jié)合了半經(jīng)驗方法、從頭算方法以及密度泛函理論計算了四肽GFGG體系的穩(wěn)定構(gòu)型，對其計算過程進(jìn)行詳細(xì)的描述。四肽GFGG穩(wěn)定構(gòu)型的能量、零點振動能、垂直電離能、轉(zhuǎn)動常數(shù)、偶極矩等基本計算結(jié)果也在本章中給出，此外我們還計算了體系在98K、198K、298K、398K以及498K溫度下的分布。由于四肽已經(jīng)具有一定類似于蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)性質(zhì)

3、，我們對該體系的結(jié)構(gòu)特征進(jìn)行了分析。四肽中蘊(yùn)含了豐富的氫鍵類型，本章利用AIM理論對體系的氫鍵做了深入的分析。四肽體系中的振動光譜同樣有一定的復(fù)雜性，最后我們分析體系的振動光譜，發(fā)現(xiàn)了幾個有趣的現(xiàn)象。
　　 第3章我們重點利用AIM理論分析四肽GFGG中常見幾種氫鍵的鍵臨界點電荷密度與鍵長之間的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)其呈現(xiàn)指數(shù)衰減的規(guī)律。由于鍵能與臨界點的電荷密度有密切聯(lián)系，這一研究將對氫鍵鍵能的估計有重要的意義。隨后通過對五肽GGGGG以

4、及甘氨酸加三個水體系中的分子內(nèi)和分子間氫鍵做了同樣的研究，證實了這種規(guī)律的普遍性。
　　 第4章簡要介紹了本人在研究過程中所編寫的一系列程序和腳本。由于本實驗室所涉及到的計算分析數(shù)量巨大，分析計算程序是不可或缺的。本人根據(jù)以往前人的經(jīng)驗以及自己的分析總結(jié)，利用C++語言以及Unix下腳本語言編寫出了一系列的分析計算程序。這些程序和腳本對于提高小組整體工作效率有很大的幫組。
　　 第5章對多肽計算過程中的某些細(xì)節(jié)做了進(jìn)一步