蛋白質分子的結構及折疊研究.pdf

1、本論文主要用粒子群算法對一些簡化模型的蛋白質分子進行了結構預測研究。采用蒙特卡羅方法對一些蛋白質分子的二級結構及小分子蛋白進行了動力學結構計算。首先對蛋白質分子的結構及氨基酸構成作了簡單的介紹，對蛋白質分子結構及其折疊研究的思路和方法作了綜述，展望了其研究前景。對于粒子群及蒙特卡羅兩種算法作了詳細的說明。 在蛋白質分子的結構預測中，通過將計算所得結構圖與實驗測定的分子結構圖進行對比直觀地體現(xiàn)計算結果的好壞，以兩種結構的RMSD值

2、的大小來說明計算結構與實驗結果的相似程度。本文用兩種不同的簡化模型及不同的勢函數(shù)分別對幾種蛋白質分子作了計算，計算所得到的分子結構與相應實驗結構的RMSD值都不太大，說明該算法對勢能函數(shù)的優(yōu)化是有效的，但其中的二級結構部分的預測結果不理想，天然結構中蛋白質分子的α螺旋和β片狀結構在計算結構中很難得到反映，這也是蛋白質結構預測中較為困難的一個問題。在相同的模型中，對于同樣的勢函數(shù)發(fā)現(xiàn)其中參數(shù)的取值對蛋白質的計算結構有重要影響，同樣的參數(shù)對