集成化計算機化學網絡平臺的設計與初步實現(xiàn).pdf

1、隨著計算機和網絡技術的迅速發(fā)展，計算機輔助有機合成設計(ComputerAssistedOrganicSynthesis，CAOS)、計算機輔助藥物設計(ComputerAssistedDrugDesign，CADD)、化學信息學(Chemoinformatics)均取得了長足進展。構建一個面向有機合成、藥物發(fā)現(xiàn)的虛擬組合衍生系統(tǒng)，利用網絡對現(xiàn)有化學信息進行表達和管理，對已有數(shù)據(jù)進行快速檢索和挖掘，對分子和反應進行組合、優(yōu)化和篩選，利用

2、組合化學、構效關系、數(shù)學分析優(yōu)化合成路線，必將對促進有機合成和生物制藥的研究和發(fā)展有相當積極的作用。 本論文所描述的集成化計算機化學網絡平臺就是一個基于以上思想而設計的面向有機合成、藥物發(fā)現(xiàn)的化學網絡信息平臺。本平臺以NKMOLSDK分子開發(fā)包為基礎，以UNIX和Windows操作系統(tǒng)下Apache為服務器，以MySQL為數(shù)據(jù)庫，以PHP為網絡開發(fā)語言的組合衍生數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)。該系統(tǒng)解決了傳統(tǒng)結構所帶來的計算耗時長、資源無法充分利用

3、、用戶必須在線長期等待結果的問題，實現(xiàn)了資源利用最大化、操作使用方便化、結果算法合理化的目的 本平臺采取開放式的構造，能夠集成多個應用程序，有很強的擴展性，主要包括有“開發(fā)服務”、“學習交流”、“文獻數(shù)據(jù)”、“信息發(fā)布”等幾個方面內容，今后還將增加其它新的功能，進一步完善。 本平臺突出的特點是完成了“開發(fā)服務”中組合化學平臺的設計和應用，用戶通過網絡平臺提交目標化合物通式或反應通式，用平臺提供的107個取代基或用戶自己提

4、交的取代基替換通式中的R基團，從而組合生成數(shù)目巨大的以目標化合物為核心的組合化學分子庫。用戶提交的目標化合物不同，相應生成的庫也不同。利用組合分子庫用戶可以篩選出可能具有較好活性的化合物。同時，用戶也可以提交目標化合物通式從平臺的通式反應數(shù)據(jù)庫中搜尋通式反應，為用戶發(fā)現(xiàn)合成路徑提供參考。 本平臺通過一系列的修正和調試，已經初步達到了實用化的目的，并成功進行組合的應用實例，這也充分證明本平臺的正確性和實用性。 總的來說，本